全国の都道府県や市区町村にある役所。その多くは、住民の暮らしを支えるために存在している。そんな役所で働く真面目で現実主義な公務員・大野木が、県庁の仕事で「特別対策室」へ配属されたことをきっかけに、さまざまな怪異や心霊現象と対峙することになる物語。それが『夜行堂奇譚』（嗣人：原作、げみ：絵/産業編集センター）だ。
もともとは生活安全課に所属していた主人公・大野木だったが、ある日上司である部長・藤村から「特別対策室」への異動を告げられる。そこは県庁に寄せられた「人ならざるものの仕業としか思えない事件事故」を扱う部署。大野木の新部署での初仕事は、行方不明となっているたった一人の前任者・尼ヶ崎の捜索から幕を開けることになる。
人ならざる存在を相手に、当初は苦戦していた大野木だったが、縁あって古物商を営む店・夜行堂に出会う。店の店主やそこに出入りする隻腕の霊能者・千早らと共に、大野木は前任者・尼ヶ崎の行方を追いながら、次第に怪異による数々の事件へと巻き込まれていく…といったあらすじだ。